在临床当中谷氨酰转肽酶升高，主要有以下几种原因：第一，最常见的是酒精性肝损伤。酒精性肝损伤的人，谷氨酰转肽酶升高的幅度往往特别大，曾经见到过谷氨酰转肽酶高到三、四百，甚至五、六百的。这些病人仔细一追问长期大量饮酒，而且还是饮的高度酒，除了谷氨酰转肽酶明显升高之外，还伴有谷丙、谷草转氨酶的升高，尤其是谷草转氨酶升高的幅度，比谷丙转氨酶升高的幅度要大，这个就是典型的酒精性肝损伤的特征。除了酒精肝之外。
第二，胆管有堵塞。如果有胆结石或者是胆道的肿瘤，压迫了胆管，胆汁无法排出来，出现梗阻性的黄疸，这样的情况下通常都会伴有谷氨酰转肽酶的升高。所以，这种情况下，怎么能把病因找出来，需要做影像学的检查，包括腹部超声、增强CT或者增强核磁等。
第三，见于自身免疫性肝病。像PBC原发性胆汁性胆管炎，还有PSC原发性硬化性胆管炎等，都有可能出现谷氨酰转肽酶的升高。因为这些自身免疫性肝病，在肝内的小的胆管出现病变，胆管的病变和破坏就会导致胆管酶的升高，只是在谷氨酰转肽酶升高的同时，往往还伴有碱性磷酸酶的升高，称为肝内胆汁淤积型改变。这样的疾病多见于中老年女性患者，需要进一步检查自身抗体谱来帮助明确诊断，常见的就这几种。
另外，最近脂肪肝的发生率越来越高，还有少数脂肪肝的病人，也会谷氨酰转肽酶的轻度升高，通过减重会把谷氨酰转肽酶，又往下降。
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