多发性肝囊肿分为单纯性肝囊肿和先天性多囊肝。先天性多囊肝是一类遗传性疾病，是没有办法被治愈。先天性多囊肝虽然是良性病，但是会逐渐挤压正常的肝组织，可能导致肝脏功能的损伤以及肝功能的衰竭。
对于先天性的多囊肝，唯一有效治疗方法就是进行肝脏移植手术。同时对合并有先天性多囊肾的患者需要进行肝肾联合移植。先天性多囊肝治疗方法跟肝囊肿单个的肝囊肿是一样的，也就是说在没有症状的情况下只需要进行定期的随访观察。而囊肿比较大了引起相应的临床症状时要进行相应的外科手术治疗。
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