肝内的胆道是细小的胆管分支，主要由于胆汁的性状改变，或存在先天性的胆管狭窄或变异，胆道里有异物，如寄生虫的虫卵或蛔虫虫体，钻入胆道以后，形成胆汁流通不畅，引起梗阻，它的尸体会形成结石。由于胆管的畸形或胆管变异，胆汁成分的改变导致有形的因素沉积到胆汁内，会形成结石。
还有由于摄入高脂的饮食，导致胆固醇的沉积，形成胆固醇钙的核心，在这个基础上继发形成结石。有时也存在两种胆固醇性结石和胆色素结石混合的情况。
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