功能性疾病如肠易激综合征出现肚子疼大便不成形。可用解痉挛药物如颠茄、6542、匹维溴铵等。也可用吸附剂、益生菌、蒙脱石散甚至活性炭，同时还可用中成药。
器质性疾病导致拉肚子，要针对病因进行去病因治疗。如抗病毒治疗、抗生素治疗或驱虫治疗，同时也要对于肚子疼和腹泻进行对症治疗。其他的器质性疾病，如炎性肠病，通过一系列检查确诊后进行相应药物治疗。药物治疗可分为升阶梯和降阶梯治疗，升阶梯治疗可用氨基水杨酸、激素、免疫制剂以及生物制剂等。对于严重炎性肠病病人可用降阶梯治疗，开始就用生物制剂来进行治疗。
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