患者在初次经彩超发现肝囊肿之后，建议上腹部的核磁共振或增强CT检查，判断患者是单纯的囊肿，还是其他疾病，肝囊肿应以肝包虫，肝脏转移瘤以及肝脓肿等疾病，做鉴别诊断。对于所有肝囊肿患者，都需要定期检查观察，必要时手术处理。
采用超声引导下进行囊肿穿刺抽液，或单发性的巨大囊肿可以手术开窗引流，切除囊壁。局部的多发性囊肿，考虑部分肝切除术。
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